1. Porque lo establece la Constitución.- Según el artículo 16.3 de la Carta Magna “los poderes públicos tendrán en cuenta las creencias religiosas de la sociedad española, y mantendrán las consiguientes relaciones de cooperación con la Iglesia Católica y las demás confesiones”.
Esto quiere decir que, en el momento en que haya un porcentaje significativo de estudiantes católicos en la universidad, no es necesario que sea mayoritario, tiene todo el sentido poner capillas a su disposición.

Si el Estado impusiera el ateismo o la ausencia de religión cercenaría un derecho fundamental, la libertad religiosa

2. Porque España es un Estado laico, pero no laicista. España no es un Estado confesional, sino laico, y eso significa que el Estado no tiene religión propia. En virtud de la separación de Iglesia y Estado, este último no debe inmiscuirse en la organización ni en la doctrina de las confesiones religiosas, pero también debe garantizar el derecho de los ciudadanos a tener sus propias creencias y manifestarlas en público y en privado, y a dar culto a Dios según sus propias convicciones.
Eso explica que los creyentes puedan dar culto a Dios en lugares públicos, como una Universidad, y un Estado laico debe garantizarlo.
El laicismo va un paso más allá: significa ignorar el hecho religioso e incluso imponer el ateísmo o la ausencia de religión. Pero tal cosa sería una injusticia y una discriminación, ya que cercenaría un derecho fundamental, la libertad religiosa. Y esta incluye el derecho al culto público y la manifestación pública de las creencias.
3.- Porque así está contemplado en los Acuerdos entre el Estado Español y la Santa Sede. Según el artículo 5, es el propio Estado el que debe garantizar la existencia de capillas en la universidad:
“El Estado garantiza que la Iglesia Católica pueda organizar cursos voluntarios de enseñanza y otras actividades religiosas en los Centros Universitarios públicos, utilizando los locales y medios de los mismos. La Jerarquía eclesiástica se pondrá de acuerdo con las autoridades de los Centros para el adecuado ejercicio de estas actividades en todos sus aspectos”.
Esos Acuerdos son los que pretenden revisar ahora tanto el PSOE como Podemos si llegan al poder.
No se entiende que haya espacios dedicados a cafeterías, gimnasio, bancos e, incluso, agencias de viajes, pero que suponga, un problema tener un espacio de culto y oración
4.- Porque en la Universidad no sólo imparte clases.–  La universidad pública en España está llena de establecimientos que no están directamente relacionados con la enseñanza educativa. Si en la Universidad sólo se pudiese impartir clases sólo habría aulas. No se entiende que haya espacios dedicados a cafeterías, biblioteca, gimnasio, bancos e, incluso, agencias de viajes, pero que suponga, en cambio, un problema tener un espacio para cubrir la espiritualidad de los alumnos que así lo deseen.
Las universidades son centros de enseñanza e investigación que deben estar al servicio del conocimiento y de la educación de las personas. Pero la educación debe ser integral, porque no somos seres unidimensionales. Y la dimensión religiosa es una de las más importantes de la persona, que debe ser atentida y cultivada. 
Eso explica y justifica que en una universidad pública también haya centros de culto y oración.